Depuis plusieurs années, Saïd Boudour est régulièrement harcelé par les autorités algériennes pour des reportages sur les questions relatives aux droits humains dans le pays. Il s’intéresse notamment aux droits des migrants et des prisonniers politiques dans le contexte du mouvement de protestation appelé « Hirak » en Algérie.

Il a notamment été arrêté plusieurs fois entre juin 2016 et décembre 2018. En juin 2018, il avait été arrêté alors qu’il sortait d'une réunion de la Ligue algérienne pour la défense des droits de l'Homme. Il a ensuite été transféré à Alger pour faire l'objet d'une poursuite judiciaire en relation à des informations qu’il avait diffusées à propos d’une saisie de stupéfiants à Oran impliquant de hauts responsables algériens.

Saïd Boudour a de nouveau été arrêté le 6 octobre 2019 et placé en garde à vue au siège de la sûreté à Oran où il a été interrogé sur des contenus hostiles au gouvernement algérien partagées sur son compte Facebook. Il a également été questionné sur d’autres contenus dont il n’est pas l’auteur, publiés à travers un compte Facebook piraté. Il a été inculpé le lendemain des crimes d’« atteinte au moral des troupes » et « atteinte à l’intégrité du territoire national et à l’unité nationale » ainsi que pour les délits de « diffamation » et d’« outrage aux institutions de l’État ».

Le 7 octobre 2019, le juge d’instruction près le tribunal d’Oran a néanmoins accepté sa demande de mise en liberté conditionnelle avant que la chambre d’accusation du tribunal d’Oran ne décidé d’annuler sa mise en liberté provisoire le 15 octobre 2019.

Le 10 mars 2020, son dossier a été confié au tribunal correctionnel d’Oran suite à la requalification des poursuites. Saïd Boudour reste néanmoins poursuivi d’« outrage à corps constitué », « diffamation », et « menaces ». Ces chefs d’accusation font référence à des posts Facebook critiquant l’ancien chef d’état-major de l'Armée nationale populaire Ahmed Gaïd Salah.

Le 24 novembre 2020, le tribunal de première instance d'Oran l'a condamné par contumace à un an de prison et à une amende de 50’000 Dinars algériens. Lors d'un nouveau procès le 10 mars 2021, Saïd Boudour a été condamné à une peine de deux mois de prison avec sursis. Il est remis en liberté à l'issue du procès.

Le 23 avril 2021, Boudour est arrêté brutalement par cinq policiers alors qu’il couvrait une manifestation du Hirak à Oran. Il a déclaré avoir subi des coups de pieds, des coups de poing, des gifles et des insultes de la part des policiers. Accusé de terrorisme et de complot contre l’Etat, il a été maintenu en garde à vue jusqu’au 29 avril 2021.

Le 29 avril 2021, les défenseur-e-s des droits humains Saïd Boudour, Jamila Loukil et Kaddour Chouicha, ainsi que les 12 autres militant-e-s pacifiques, ont été poursuivi-e-s pour des accusations liées au terrorisme.

Le procureur général d’Oran a notamment accusé Saïd Boudour de complot contre la sécurité de l’Etat et d’avoir porté atteinte à l’intégrité du territoire national, de propagande susceptible de nuire à l’intérêt national, d’origine ou d’inspiration étrangère, et d’appartenance à une organisation terroriste ou subversive active à l’étranger ou en Algérie, sur la base des articles 77, 78, 87 bis, 87 bis 3, 87 bis 6 et 96 du Code pénal.

Le même jour, Boudour a été placé sous contrôle judiciaire, de même que deux autres militants du Hirak, et a dû se présenter au poste de police tous les 15 jours.

Le 17 juin 2021, plusieurs titulaires de mandats au titre des procédures spéciales de l’ONU ont envoyé une communication aux autorités algériennes concernant Boudour, Loukil et Chouicha. Dans cette communication, les procédures spéciales ont exprimé leur grave inquiétude face au harcèlement juridique que les trois défenseur-e-s des droits humains subissent.

Le 4 août 2022, la 5e chambre du tribunal pénal spécialisé d’Alger a rejeté un appel visant à stopper le contrôle judiciaire de Boudour.

Le procès pour terrorisme, initialement prévu pour le 15 juin 2023, a été reporté à plusieurs reprises avant de se tenir finalement le 3 décembre 2023, où les accusé-e-s ont été acquitté-e-s par le tribunal de Dar El Beida. Néanmoins, le procureur a fait appel à cette décision.

De visite officielle en Algérie, la Rapporteuse Spéciale sur les défenseurs des droits de l’Homme a pu assister au procès du 3 décembre. Dans sa déclaration de fin de mission, elle a exprimé des préoccupations majeures quant à la perception des autorités envers Boudour, qui est considéré comme nécessitant un contrôle étroit uniquement à cause de ses activités en faveur des droits humains.

Le 26 février 2025, la Cour d'appel a suivi la décision du tribunal de première instance acquittant Boudour et les autres co-accusés.