من عام 2016 إلى عام 2017 ، أعيدت مناطق محافظة نينوى ، التي كانت تسيطر عليها سابقًا الدولة الإسلامية في العراق والشام (داعش) ، إلى سيطرة السلطات العراقية. خلال هذه الفترة ، ألقي القبض على مئات من الرجال والفتيان الذين كانوا يعيشون في السابق تحت سيطرة داعش واختفوا بحجة استجوابهم للكشف عن من ينتمي إلى داعش.

في صباح 11 أغسطس 2016 ، بعد فترة وجيزة من عودة قرية جحلة إلى سيطرة السلطات العراقية ، قام فوج الموصل التابع لجهاز مكافحة الإرهاب العراقي بموجة من الاعتقالات في قرية جحلة. اعتقل أكثر من عشرة أشخاص ، من بينهم عمار الخفاجي الذي اعتقل في منزله و لم يتم تقديم مذكرة اعتقال.

في 21 أغسطس 2016 ، أرسلت عائلة الخفاجي نداءً إلى وزير الداخلية تطلب معلومات حول مصيره ومكانه ، ولكن دون جدوى. بالإضافة إلى ذلك ، أبلغوا مكتب نينوى التابع للمفوضية العليا لحقوق الإنسان عن اختفائه.

في 30 أبريل 2020 ، طالبت منّا لحقوق الإنسان ومركز توثيق جرائم الحرب العراقية التدخل العاجل للجنة الأمم المتحدة المعنية بالاختفاء القسري ، وحث السلطات العراقية على اتخاذ إجراءات عاجلة لتحديد مكانه ، ووضعه تحت حماية القانون، وتحديد الجناة. علماً ان مصير الخفاجي ومكان وجوده لا يزال مجهولا.