اشتهر الشيخ محمد بن حسن الحبيب بدعمه للاحتجاجات ضد التمييز المنهجي الذي تواجهه الأقلية الشيعية في السعودية. حاولت السلطات في ديسمبر 2012 ترهيبه بسبب خطبة ألقاها في يوليو 2012 وندد فيها بالكراهية الدينية ضد الشيعة ودعا الحكومة إلى وضع حد للطائفية. أجبر الحبيب على التوقيع على تعهد بعدم إلقاء خطب يرفضها النظام. وعلى الرغم من هذا التقييد لحقه في حرية التعبير، استمر في معارضة التمييز الذي ترعاه الدولة، ولا سيما في المناهج الدراسية.

ألقي القبض على الشيخ في 8 يوليو 2016، عند معبر الخفجي الحدودي بين السعودية والكويت،واحتجز بمعزل عن العالم الخارجي لمدة أربعة أشهر، وحرممن حقه في الاتصال بأسرته ومحاميه. خلال هذه الفترة ، تعرض للتعذيب وسوء المعاملة. وأُجبر على ابتلاع مواد تثير الهلوسة وهُدد بقطع رأسه. كما تعرض للحرمان من النوم لفترات طويلة. وفي عدة مناسبات ، أُجبر على البقاء في وضع القرفصاء لفترة طويلة. أُجبر في النهاية على الاعتراف بأنه حاول مغادرة المملكة العربية السعودية بشكل غير قانوني. نتيجة للتعذيب ، لا يزال الحبيب يعاني من آثار طويلة الأمد.

في 27 أكتوبر 2016، وجهت إليه المحكمة الجزائية المتخصصة تهمة انتهاك التعهد الذي وقّع عليه. وعلى الرغم من أن المحكمة الجزائية قررت في البداية تبرأته، إلا أن غرفة الاستئناف نقضت الحكم وقضت بسجنه سبع سنوات بسبب "الطائفية" و "التحريض على الفتنة" ، بناءً على المرسوم الملكي رقم 44.وبينما يقضي محكوميته، فتحت النيابة العامة ضده دعوى جنائية أخرى بتهمة "السعي لزعزعة النسيج الاجتماعي والوحدة الوطنية من خلال دعم الاحتجاجات والتحريض على أعمال الشغب في محافظة القطيف" و "محاولة مغادرة السعودية نحو الكويت بشكل غير قانوني" و "انتهاك قانون الجرائم الإلكترونية". ومن المرتقب عقد محاكمته الثانية والنطق بالحكم في 25 أغسطس 2019. في 26 أغسطس 2019، حكمت عليه المحكمة الجزائية المتخصصة  بالسجن لمدة 5 سنوات إضافية وتم تأييد الحكم الصادر ضده لاحقًا في الاستئناف. تم تأكيد الحكم في الاستئناف في 15 ديسمبر 2019. ثم أيدت المحكمة العليا حكمه بالسجن لمدة خمس سنوات في مارس 2020.

أوضحت منا لحقوق الإنسان، في مذكرتيها الموجهتين إلى كل من المقرر الخاص المعني بحرية الدين أو المعتقد والفريق العامل المعني بالإحتجاز التعسفي، أن اعتقال الشيخ محمد بن حسن الحبيب يشكل انتهاكًا للقانون الدولي على أساس التمييز بسبب انتمائه لأقلية دينية مضطهدة ومهمشة.

في 11 مايو 2020 ، أعرب ثمانية من المكلفين بولايات في إطار الإجراءات الخاصة للأمم المتحدة ، بمن فيهم المقرر الخاص المعني بتعزيز وحماية الحق في حرية الرأي والتعبير ، عن قلقهم من اضطهاد الشيخ محمد بن حسن الحبيب واحتجازه المستمر بسبب الدفاع عن حقوق الإنسان والنشاط لصالح حقوق الأقلية الشيعية ، كما سلطوا الضوء على استخدام تشريع مكافحة الإرهاب لتجريم حقه في التعبير بحرية عن آرائه وانتقاده لسياسات الحكومة ، بما في ذلك في المسائل التي تمس الأقلية الشيعية.

في 26 نوفمبر 2020 ، أصدر الفريق العامل المعني بالاحتجاز التعسفي رأياً رقم 86/2020 ، جاء فيه أن الحبيب معتقل تعسفياً ، وطالب السلطات بالإفراج الفوري عنه.

من بين أمور أخرى ، أثار خبراء الأمم المتحدة مسألة أن حرمان الحبيب من الحرية يفتقر إلى الأساس القانوني ووجدوا أن احتجازه ينتهك العديد من الحقوق والحريات الواردة في الإعلان العالمي لحقوق الإنسان،  بما في ذلك حرية الدين والتعبير.

ووجد فريق العمل أيضًا أن انتهاكات حق الحبيب في محاكمة عادلة والإجراءات القانونية الواجبة كانت من الخطورة بحيث تضفي على حرمانه من الحرية طابعًا تعسفيًا يسلط الضوء على حقيقة أن "المبدأ الأساسي للمحاكمة العادلة المتمثل في عدم جواز المحاكمة على ذات الجرم مرتين تم انتهاكه ، حيث حوكم السيد الحبيب وأدين مرتين لنفس الظروف الوقائعية”.

أخيراً، شكل اعتقال الحبيب انتهاكًا للقانون الدولي على أساس التمييز حيث كانت آراء ومعتقدات الحبيب "بوضوح في قلب القضية الحالية وأن السلطات أبدت موقفًا تجاهه لا يمكن وصفه إلا بأنه تمييزي ".

في ضوء الأسباب المذكورة أعلاه ، سلط خبراء الأمم المتحدة الضوء على أن حرمان الحبيب من الحرية يندرج ضمن الفئات الأولى والثانية والثالثة والخامسة من طريقة عمل الفريق العامل.