Le 23 décembre 2019, à 5h30 du matin, plusieurs membres de la police djiboutienne ont fait irruption au domicile de Bourhan Ali Mohamed. Ils ont procédé, en l’absence de mandat, à une fouille du domicile avant de confisquer les téléphones portables ainsi que des clés USB des occupants. Les policiers ont ensuite arrêté Bourhan Ali Mohamed ainsi que son épouse et son cousin. Les trois personnes ont ensuite été transférées au commissariat de Nagad. L’épouse de Bourhan a été relâchée une heure après son arrivée dans le commissariat. Plus tard dans la journée, Bourhan et son cousin ont été transférés au commissariat central de police. Ce dernier a été relâché aux alentours de 17 heures tandis que Bourhan a été maintenu en détention.

Bourhan a été vu pour la dernière fois par ses proches au cours de la soirée du 23 décembre 2019 au commissariat central de police. Lorsque sa famille est revenue lui rendre visite le 25 décembre 2019, le commandant de police du commissariat a affirmé qu’il avait été libéré plus tôt dans la journée au terme de sa garde à vue de 48 heures. Cette information est démentie par la famille qui affirme qu’il n’est pas rentré à son domicile ce jour-là. Aucune autre information n'a été donnée à la famille de l'intéressé concernant son sort ni le lieu où il se trouve et ce en dépit des efforts déployés par ses proches pour le localiser. L’avocat de la famille a en effet saisi le procureur de la république ainsi que le médiateur de la république. Même si les motifs d’arrestation de Bourhan demeurent inconnus, sa famille redoute qu’il n’ait été arrêté en représailles aux activités de sa tante qui anime la web-radio d’opposition « Radio Boukao ». 

Il a finalement été remis en liberté sans inculpation le 15 janvier 2020 après avoir été détenu au secret dans la localité de Moulhoulé non loin de la frontière avec l’Érythrée.