تم استدعاء الشبيلي إلى قسم التحقيق والادعاء في القصيم في أربع مناسبات بين 18 نوفمبر 2013 و 17 ديسمبر 2013.

تم إخطار الشبيلي رسميًا بالتهم الموجهة إليه للمرة الأولى في يوليو 2014. ومن بينها "التحريض على التظاهر" ، " "الطعن في هيئة كبار العلماء في السعودية ونزاهة القضاء وتأليب الرأي العام على ولاة الأمر ووصفهم بدولة بوليسية تنتهك حقوق الإنسان" و "رفض الامتثال لقرار المحكمة المتعلق بحل جمعية حسم".

في مارس 2015 ، أُبلغ بالتهمة الإضافية المتمثلة في "التواصل مع المنظمات الأجنبية" ، والتي أشارت إلى تعاونه مع آليات حقوق الإنسان التابعة للأمم المتحدة والمنظمات الدولية غير الحكومية لحقوق الإنسان.

انطلقت محاكمة الشبيلي السرية أمام محكمة أمن الدولة في 9 أبريل 2015. وحُكم عليه بالسجن لمدة ثماني سنوات إضافة إلى منعه من استعمال مواقع التواصل الاجتماعي ومن السفر لمدة ثماني سنوات. ثم أُرغم على توقيع تعهد بعدم "تكرار" الأفعال المجَرّمة.

لم يتم احتجاز الشبيلي على فور صدور الحكم، ففي سياق حملة القمع المستمرة ضد المجتمع المدني منذ عقود، غالباً ما تعلق السلطات السعودية تنفيذ الأحكام ضد النشطاء والمدافعين عن حقوق الإنسان لتهديدهم بالسجن وبالتالي منعهم من القيام بأشطتهم لأطول وقت ممكن.

في 24 يوليو 2016 ، طعن الشبيلي في الحكم أمام الاستئناف بالمحكمة الجزائية المتخصصة، لكنها أيدت العقوبة في 15 مايو 2017.

في 17 سبتمبر 2017 ، تم توقيف الشبيلي في محافظة القصيم. وهو محتجز حاليا في سجن عنيزة.

في 21 نوفمبر 2019 ، بعد أن حالت منّا لحقوق الإنسان القضية إلى فريق الأمم المتحدة العامل المعني بالاحتجاز التعسفي وطالبت  للحصول على رأي ، تبنى هذا الفريق الرأي رقم 71/2019. في الرأي ، ذكر الفريق الأممي أنّ الشبيلي كان "هدفًا للاضطهاد" نتيجة لممارسة حقوقه الأساسية ، وأكد أن "مثل تبادل المعلومات والأفكار عبر وسائل الإعلام عبر الإنترنت ليس من المعقول وصفه بأنه يشكل تهديداً ضد الأخلاق والنظام العام والرفاهية العامة في مجتمع ديمقراطي ". في ضوء ذلك ، أكد الفريق العامل أن الشبيلي كان محتجزًا تعسفيًا ودعا السلطات إلى إطلاق سراحه فورًا.

بالإضافة إلى ذلك ، لاحظ الفريق الأممي أنه على مدار تاريخه البالغ 28 عامًا ، كانت هناك حوالي 60 حالة تم فيها انتهاك المملكة العربية السعودية لالتزاماتها الدولية في مجال حقوق الإنسان. أعربت الفريق العامل في وقت لاحق عن قلقه من أن "هذا يشير إلى وجود مشكلة منهجية مع الاحتجاز التعسفي في المملكة العربية السعودية ، والتي ترقى إلى انتهاك خطير للقانون الدولي" ، محذراً من أنه في ظل ظروف معينة ، قد تشكل هذه الانتهاكات جرائم ضد الإنسانية.

في 30 سبتمبر 2020، أثار الأمين العام للأمم المتحدة القضية في تقرير 2020 بشأن الأعمال الانتقامية ضد الأفراد الذين يتعاونون مع الأمم المتحدة في مجال حقوق الإنسان.

في 13 يوليو 2025، أُطلق سراح الشبيلي. ومع ذلك، لا يزال يخضع لحظر سفر لمدة ثماني سنوات.