في 24 يناير 2019 ، شارك محجوب إبراهيم في احتجاج سلمي في حرم جامعة الرازي بالخرطوم انتشرت عناصر جهاز الأمن والمخابرات لتفريق المظاهرة، وطرد إبراهيم مع طلاب آخرين يتظاهرون من مباني الجامعة. أخذ أعضاء جهاز الأمن والمخابرات الوطني المتواجدون بمدخل الجامعة في ضرب المتظاهرات بعنف، فحاول إبراهيم حماية زميلاته في الصف بالوقوف بينهن وبين أفراد جهاز الأمن والمخابرات، وهو يهتف "لا تضربون الفتيات". فشرعوا في ضربه بوحشية حتى فارق الحياة.

كان محجوب إبراهيم  قد فارق الحياة عند نقله إلى المستشفى،وخلص تقرير الطب الشرعي بعد تشريح حثته إلى أن سبب وفاته هو إصابته البليغة في الدماغ. منع جهاز الأمن والمخابرات الوطني موظفي المستشفى من تزويد الأسرة بنسخة من تقرير الطب الشرعي.

لم يتمكن أقارب محجوب إبراهيم حتى الآن من تقديم شكوى إلى المدعي العام، ولم يتم إجراء أي تحقيق في وفاته.

يدخل الاستخدام المفرط للقوة الذي أدى إلى وفاة محجوب إبراهيم في إطار حملة القمع العنيفة  التي تواجه بها السلطات الاحتجاجات الشعبية التي اندلعت في كل أنحاء السودان منذ منتصف ديسمبر 2018.