في 31 أكتوبر2018، في حدود الساعة 11 ليلا، اقتحمت قوات أمن الدولة منزل محمد أبو هريرة في القاهرة وألقت القبض عليها دون أمر اعتقال، وأخذته إلى مكان مجهول. ظل مصيره ومكان تواجده مجهولاً 21 يوماً، ولم يظهر إلا في 21 نوفمبر 2018، في مكتب المدعي العام بنيابة أمن الدولة في القاهرة، الذي اتهمه "بالانضمام لجماعة إرهابية أسست على خلاف القانون، والتحريض على ضرب الاقتصاد القومي" ، وأمر باحتجازه على ذمة التحقيق.

في 4 مارس 2019، ردت السلطات المصرية على رسالة الفريق الأممي المعني بحالات الاختفاء القسري أو غير الطوعي، مشيرة إلى أن عبد الرحمن متهم في القضية رقم 1552/2018 المعروضة على محكمة أمن الدولة العليا وأنه محتجز في سجن طرة بالقاهرة.

يدخل احتجاز محمد أبو هريرة في إطار موجة الاعتقالات الجماعية التي وقعت أواخر أكتوبر 2018، واستهدفت ما لا يقل عن 40 من محاميي ونشطاء حقوق الإنسان.