في 1 نوفمبر 2018، حوالي الساعة الواحدة صباحاً، اقتحمت قوات أمن الدولة منزل هدى في القاهرة وألقت القبض عليها دون أمر اعتقال، ثم أخذتها إلى مكان مجهول. ظل مصيرها ومكان وجودها مجهولاً 21 يوماً، ولم تظهر إلا في 21 نوفمبر 2018، في مكتب المدعي العام بنيابة أمن الدولة في القاهرة، الذي اتهمها "بالانضمام لجماعة إرهابية أسست على خلاف القانون، والتحريض على ضرب الاقتصاد القومي" ، وأمر باحتجازها على ذمة التحقيق.

يدخل احتجاز هدى عبد المنعم في إطار موجة الاعتقالات الجماعية التي شنتها السلطات أواخر أكتوبر 2018، واستهدفت ما لا يقل عن 40 محاميا وناشطا من المدافعين عن حقوق الإنسان.

منذ يناير 2019 ، تم اعتقال هدى عبد المنعم في سجن القناطر للسيدات، وحُرمت من زيارة أقاربها ومحاميها. علاوة على ذلك ، فقد تفاقمت مشاكلها الصحية الموجودة من قبل بشكل ملحوظ ، بسبب حرمانها من الأدوية المنتظمة الضرورية. في يناير 2020 ، أصيبت بنوبة قلبية في السجن. كان العلاج الذي تلقته غير كافٍ وتأخر نقلها إلى المستشفى.

في 17 مارس 2021 ، في ضوء الخطر الشديد الذي يشكله فيروس كورونا على صحة عبد المنعم ، طلبت منّا لحقوق الإنسان وست منظمات أخرى تدخل المقرر الخاص للأمم المتحدة المعني بالمدافعين عن حقوق الإنسان والمقرر الخاص للأمم المتحدة المعني بمكافحة الإرهاب وحقوق الإنسان، وذلك لحث السلطات المصرية على الإفراج الفوري عنها.

في أغسطس 2021 - بعد فترة ثلاث سنوات من الاعتقال دون تهمة - أحيلت قضية عبد المنعم إلى محكمة أمن الدولة طوارئ في القاهرة. وبحسب إحالة النيابة بتاريخ 23 أغسطس 2021 ، فقد وجهت إليها تهمة "الانضمام إلى منظمة إرهابية وتمويلها" وكذلك "بث أخبار كاذبة من شانها الاضرار بالمصالح القومية في البلاد ".

في يونيو 2021 (AL EGY 5/2021) وكذلك في نوفمبر 2021 (AL EGY 12/2021) ، أرسل العديد من المكلفين بولايات في إطار الإجراءات الخاصة للأمم المتحدة رسائل بخصوص احتجاز هدى عبد المنعم. كلا الرسالتين لا تزالان من دون إجابة حتى يومنا هذا.

في 5 مارس 2023 ، أدينت هدى عبد المنعم من قبل محكمة أمن الدولة طوارئ القاهرة بتهمة الانضمام إلى جماعة إرهابية (المادة 86 مكرر من قانون العقوبات) وبث أخبار كاذبة من شانها الاضرار بالمصالح القومية في البلاد (المادة 80 د. من قانون العقوبات). وحُكم عليها بالسجن خمس سنوات. علاوة على ذلك، أمرت المحكمة بالإفراج المشروط بإشراف الشرطة لمدة خمس سنوات بعد الحكم بالسجن. كما هو الحال مع جميع قرارات محكمة أمن الدولة طوارئ، لا يمكن استئناف الحكم. الطريقة الوحيدة للطعن في القرارات هي من خلال الالتماس المقدم إلى الرئيس السيسي، الذي لديه سلطة إلغاء أو تعديل قرارات المحكمة.

في 4 أبريل 2023، قدمت منّا لحقوق الإنسان نداءً عاجلاً إلى المقرر الخاص للأمم المتحدة المعني بالمدافعين عن حقوق الإنسان وإلى المقرر الخاص للأمم المتحدة المعني باستقلال القضاة والمحامين، مطالبة بالإفراج الفوري عن هدى عبد المنعم من السجن ورفع فترة الإفراج المشروط لمدة خمس سنوات.