في 1 نوفمبر2018، حوالي الساعة الواحدة صباحاً، اقتحمت قوات أمن الدولة منزل هدى في القاهرة وألقت القبض عليها دون أمر اعتقال، وأخذتها إلى مكان مجهول. ظل مصيرها ومكان وجودها مجهولاً 21 يوماً، ولم تظهر إلا في 21 نوفمبر 2018، في مكتب المدعي العام بنيابة أمن الدولة في القاهرة، الذي اتهمها "بالانضمام لجماعة إرهابية أسست على خلاف القانون، والتحريض على ضرب الاقتصاد القومي" ، وأمر باحتجازها على ذمة التحقيق.

يدخل احتجاز هدى عبد المنعم في إطار موجة الاعتقالات الجماعية التي وقعت أواخر أكتوبر 2018، واستهدفت ما لا يقل عن 40 من محاميي ونشطاء حقوق الإنسان.

منذ يناير 2019 ، تم اعتقال هدى عبد المنعم في سجن القناطر للسيدات، وحُرمت من زيارة أقاربها ومحاميها. علاوة على ذلك ، فقد تفاقمت مشاكلها الصحية الموجودة من قبل بشكل ملحوظ ، بسبب حرمانها من الأدوية المنتظمة الضرورية. في يناير 2020 ، أصيبت بنوبة قلبية في السجن. كان العلاج الذي تلقته غير كافٍ وتأخر نقلها إلى المستشفى.

في 17 مارس 2021 ، في ضوء الخطر الشديد الذي يشكله فيروس كورونا على صحة عبد المنعم ، طلبت منّا لحقوق الإنسان وست منظمات أخرى تدخل المقرر الخاص للأمم المتحدة المعني بالمدافعين عن حقوق الإنسان والمقرر الخاص للأمم المتحدة المعني بمكافحة الإرهاب وحقوق الإنسان، وذلك لحث السلطات المصرية على الإفراج الفوري عنها.