في مارس 2011 ، نفذت الإمارات العربية المتحدة حملة شاملة على جمعية الإصلاح والتوجيه الاجتماعي (الإصلاح). في عام 2013، انخرطت الإمارات في محاكمة جماعية مثيرة للجدل شملت 94 فردًا يشار إليهم عادةً باسم قضية "الإمارات94"، وهم 94 مفكر وناشط ومدافع عن حقوق الإنسان انتقدوا الحكومة الإماراتية علناً، وكلهم متهمون بعلاقاتهم مع جمعية الإصلاح.

في 24 يوليو 2012 ، تم القبض على المرزوقي كجزء من حملة السلطات الإماراتية على المتهمين ما يعرف بقضية "الإمارات94". بعد ذلك ، احتُجز في الحبس الانفرادي في مكان سري لمدة ثمانية أشهر. وحُرم من حقه في مقابلة محاميه وعائلته ، وتعرض للتعذيب وسوء المعاملة ، بما في ذلك التهديد بقطع الدواء عنه.

في 26 نوفمبر 2012 ، سُمح للمرزوقي برؤية أفراد عائلته لأول مرة في مكتب النيابة العامة. أفادت عائلته أنه ظهر في حالة صحية سيئة.

في 4 مارس 2013 بدأت محاكمة المرزوقي أمام دائرة أمن الدولة بالمحكمة الاتحادية العليا في أبو ظبي. وقد أُبلغ بالتهم الغامضة الموجهة إليه ، وهي "إنشاء وإدارة منظمة سرية تسعى لمعارضة المبادئ الأساسية لنظام الحكم الإماراتي والاستيلاء على السلطة ووجود روابط وانتماءات لمنظمات لها أجندات خارجية".

في 9 مارس 2013 ، نُقل من معتقل سري إلى سجن الرزين. وفي 2 يوليو 2013 ، حكم على المرزوقي بالسجن لمدة 10 سنوات ، تليها ثلاث سنوات تحت المراقبة. وقد حُرم من حق الاستئناف أمام سلطة قضائية أعلى.

في سبتمبر 2013 ، أصيب المرزوقي بشلل في العصب الوجهي. وقد رُفضت طلبات عائلته للسماح للمرزوقي بالحصول على العلاج الطبي.

في 22 نوفمبر 2013 ، تبنى فريق الأمم المتحدة العامل المعني بالاحتجاز التعسفي الرأي رقم 60/2013 وأعلن أن احتجاز المرزوقي هو تعسفي. واعتبر ، في جملة أمور ، أن التوقيف نتج عن ممارسة الحق في حرية الرأي والتعبير وحرية التجمع السلمي وتكوين الجمعيات. وعلى الرغم من مطالبة الفريق العامل بالإفراج عن المرزوقي وتعويضه ، إلا أنه لا يزال محتجزًا في سجن الرزين.

في 21 مايو 2014 ، تم تسليم رسالة كتبها أفراد عائلات محتجزي "الإمارات94" إلى وزير الداخلية. وأوردت تفاصيل الانتهاكات التي تعرض لها المعتقلون في سجن الرزين ، مثل سوء المعاملة من قبل حراس السجن ، من بين أمور أخرى ، الحبس الانفرادي المنتظم وسوء التغذية. لم ترد الوزارة على الخطاب ، ولم يتم الرد على شكاوى أخرى موجهة إلى مسؤولي الشرطة أو أعضاء إدارة السجون أو قادة الإمارات.

في يونيو 2016 ، استقبل المرزوقي آخر زيارة من جميع أفراد عائلته.

في يوليو 2016 ، غادرت زوجة المرزوقي ، عواطف محمد يوسف علي الريس ، وكذلك أطفالهم ، باستثناء ابنة واحدة ، الإمارات لتلقي العلاج الطبي لأبنائهم في الولايات المتحدة.

تم سحب جنسية المرزوقي كإجراء انتقامي إضافي بسبب نشاطه ودعمه لعريضة عام 2011 تطالب بالإصلاح السياسي في الإمارات العربية المتحدة. في يناير 2017 ، تلقت زوجة المرزوقي مكالمة هاتفية من إدارة الجنسية والجوازات أبلغت فيها بإلغاء جنسية أبنائها. نتيجة لذلك ، حُرمت ابنتهما في الإمارات من الحق في تلقي لقاح كوفيد-19 لأنها لم تستطع تقديم بطاقة هوية سارية المفعول.

تفترض زوجة المرزوقي أنه تم سحب جنسيتها ، وهي تقيم خارج الإمارات دون عذر لمدة تزيد عن عامين متواصلين.

منذ مايو 2017 ، لم يُسمح للمرزوقي أيضًا بالاتصال بزوجته وأبنائه وبناتهم عبر المكالمات الهاتفية. لم تتمكن ابنته الوحيدة التي بقيت في الإمارات من زيارته من أغسطس 2017 حتى مارس 2020 وكثيراً ما يتم مقاطعة مكالماتهم ومراقبتها. منذ مارس 2020 ، تم حظر جميع الزيارات إلى سجن الرزين.

في 9 مارس 2021 ، قدمت منّا لحقوق الإنسان معلومات حول وضع المرزوقي لمتابعة قضيته أمام فريق الأمم المتحدة العامل المعني بالاحتجاز التعسفي. منذ صدور الرأي رقم 60/2013 ، تدهورت حالة المرزوقي الصحية بشكل أكبر نتيجة الإهمال الطبي المتعمد والحرمان من الرعاية الطبية المناسبة. كما أفيد بفرض قيود على الاتصال بأسرته وممارسة الشعائر الدينية.

تدهورت حالة المرزوقي الصحية بشكل أكبر نتيجة الإهمال الطبي المتعمد والحرمان من الرعاية الطبية المناسبة. كما أفاد بفرض قيود على الاتصال بأسرته وممارسة الشعائر الدينية.

في 1 يونيو 2021 ، طلبت منّا لحقوق الإنسان ، بالاشتراك مع القسط لحقوق الإنسان والمركز الدولي للعدالة وحقوق الإنسان ، تدخل المقرر الخاص المعني بقضايا الأقليات بسبب إلغاء جنسية المرزوقي وأفراد أسرته ، والتي جعلتهم عديمي الجنسية. ويشير التقرير إلى أن الحرمان التعسفي من الجنسية كان له تأثير كبير على تمتعهم بمختلف الحقوق المدنية والسياسية وكذلك الحقوق الاقتصادية والاجتماعية والثقافية ، مثل حقهم في الضمان الاجتماعي والصحة والعمل.

أكمل المرزوقي عقوبته البالغة 10 سنوات في يوليو 2022 ، ومع ذلك لا يزال محتجزاً بموجب نظام المناصحة. في ضوء استمرار احتجازه ، في 18 أغسطس 2022 ، إلى جانب مركز مناصرة معتقلي الإمارات، طلبت منّا لحقوق الإنسان تدخل المقرر الخاص المعني بحالة المدافعين عن حقوق الإنسان والمقرر الخاص المعني بمكافحة الإرهاب وحقوق الإنسان حث السلطات الإماراتية على الإفراج عنه دون قيد أو شرط.

في 7 سبتمبر 2022 ، قدمت منّا لحقوق الإنسان ومركز مناصرة معتقلي الإمارات القضية إلى فريق الأمم المتحدة العامل المعني بالاحتجاز التعسفي ، مطالبتين إياهم بإصدار رأي ثانٍ بشأن الطبيعة التعسفية لاحتجازه. نذكر في طلبنا للرأي أن السلطات الإماراتية أبقت المرزوقي محتجزاً بعد انتهاء مدة عقوبته على أساس قوانين، وهي قانون مكافحة الجرائم الإرهابية وقانون مركز المناصحة، اللذان يحتويان على مواد غير دقيقة وغامضة تتحدى مبدأ اليقين القانوني. كما أشرنا إلى أن احتجازه في مركز المناصحة لم يكن نتيجة قرار محكمة يحترم معايير المحاكمة العادلة. أخيراً، ذكرنا أنّه بالإضافة إلى العقوبة الأصلية، فإن وضعه تحت نظام المناصحة يرتبط ارتباطاً مباشراً بممارسة حقوقه وحرياته.

في 30 مارس 2023 ، تبنى الفريق رأياً بشأن 12 سجيناً في قضية الإمارات 94 ، بمن فيهم المرزوقي، المحتجزين في ظل نظام المناصحة. واعتبر بأن احتجازهم تعسفي، لأن الأشخاص الـ 12 احتُجزوا "بسبب وضعهم كمدافعين عن حقوق الإنسان وعلى أساس آرائهم السياسية، أو غيرها  من الآراء، في السعي إلى محاسبة السلطات".

بالإضافة إلى ذلك، اعتبر رأي الفريق العامل أن احتجازهم غير مبرر بأساس قانوني سليم لأن قانون مكافحة الإرهاب "يخلق مخاطر كبيرة للتطبيق الفضفاض وبالتالي لا يتوافق مع المادة 11 (2) من الإعلان العالمي لحقوق الإنسان".

لذلك، أوصى فريق الأمم المتحدة العامل المعني بالاحتجاز التعسفي حكومة دولة الإمارات العربية المتحدة "بالإفراج عن جميع الأفراد الاثني عشر على الفور ومنحهم حقاً واجب النفاذ في التعويض والتعويضات الأخرى".

وفي 12 يونيو 2023، أجرى المرزوقي اتصالاً أخيرًا بعائلته من داخل سجن الرزين.

في 12 سبتمبر 2023، طلبت منا لحقوق الإنسان التدخل العاجل من الفريق العامل التابع للأمم المتحدة المعني بحالات الاختفاء القسري أو غير الطوعي، ودعته إلى حث السلطات الإماراتية على اتخاذ إجراءات لتوضيح مصير المرزوقي ومكان وجوده.

في 1 ديسمبر 2023، تمكن المرزوقي من الاتصال بعائلته من منشأة مجهولة تابعة لجهاز أمن الدولة.

في 7 ديسمبر 2023، بدأت محاكمة جماعية جديدة أمام محكمة الاستئناف الاتحادية في أبو ظبي، شملت 87 متهما. وفي الجلسة الافتتاحية، تمت قراءة التهم الموجهة ضد المرزوقي والمتهمين الآخرين معه. ويواجه المرزوقي وآخرون اتهامات بجرائم إرهابية جديدة، تتمثل في إنشاء منظمة سرية أخرى بغرض ارتكاب أعمال العنف والإرهاب على أراضي الإمارات.

عُقدت الجلسة الثانية في 14 ديسمبر 2023، حيث أدلى ثلاثة من أعضاء جهاز أمن الدولة بشهادتهم كشهود أمام النيابة العامة.

في 19 ديسمبر 2023، طلبت منا لحقوق الإنسان ومركز مناصرة معتقلي الإمارات التدخل العاجل من المقررة الخاصة المعنية بتعزيز وحماية حقوق الإنسان والحريات الأساسية في سياق مكافحة الإرهاب.

عُقدت الجلسة الثالثة في 21 ديسمبر 2023، وأُجريت المحاكمة بأكملها سرًا، مع غياب ملحوظ للتغطية الإعلامية المحلية.

وفي 11 يناير 2024، عُقدت الجلسة الرابعة دون تغطية إعلامية. وكانت هناك تقارير عن التعذيب خلال هذه المحاكمة وفقا لمركز مناصرة معتقلي الإمارات.