في 1 يونيو 2018، توجه المريسي إلى منزله في الرياض بعد أن أخذ ابنه البالغ من العمر خمس سنوات إلى مستشفى متخصص لتلقي العلاج. وما إن عاد إلى منزله قام ضباط من الأمن الوطني يرتدون ملابس مدنية، بالقبض عليه وأُخذوه بالقوة إلى وجهة مجهولة. ظل مصير المريسي ومكان وجوده مجهولين إلى أن اتصل بذويه في 15 مايو 2015 وأخبرهم أنه محتجز بسجن الحاير.

 على الرغم من عدم إدلائه بأية تصريحات علنية بشأن السياسة السعودية، لكن يعتقد أن السلطات قبضت على المريسي لأنه صحفي مؤثر رفض إظهار مساندته للسلطات السعودية من خلال المشاركة في الحملات الرسمية أو تلقي الأوامر بشأن ما يكتبه. وبالإضافة إلى ذلك، ظهر المريسي في يونيو 2016، في مقابلة تلفزيونية حضرها الباحث الإسلامي المعروف سلمان العودة، الذي لا يزال في السجن منذ القبض عليه في سبتمبر 2017 بسبب تغريدة دعا الله فيها أن "يؤلف بين قلوب" السلطات القطرية والسعودية في سياق الأزمة الدبلوماسية الخليجية.

في 12 أبريل 2023، تم الإفراج عن المريسي بعد انتهاء مدة عقوبته البالغة 5 سنوات. وقد عاد منذ ذلك الحين إلى اليمن.