في 31 أكتوبر2018، في حدود الساعة 11 ليلا، اقتحمت قوات أمن الدولة منزل عائشة الشاطر في القاهرة وألقت القبض عليها دون أمر اعتقال، وأخذتها إلى مكان مجهول. ظل مصيرها ومكان تواجدها مجهولاً 21 يوماً، ولم تظهر إلا في 21 نوفمبر 2018، في مكتب المدعي العام بنيابة أمن الدولة في القاهرة، الذي اتهمها "بالانضمام لجماعة إرهابية أسست على خلاف القانون، والتحريض على ضرب الاقتصاد القومي" ، وأمر باحتجازها على ذمة التحقيق.

تعرضت عائشة الشاطر خلال احتجازها في السر لأعمال تعذيب قاسية. في أواخر يناير 2019 نقلت إلى سجن القناطر النسائي ووضعت رهن الحبس الانفرادي لفترة طويلة حيث تدهورت حالتها الصحية بسرعة. ونتيجة لظروف احتجازها وغياب علاج متخصص ومنتظم،هناك مخاوف حقيقية على حياتها سلامتها البدنية.

يدخل احتجاز عائشة الشاطر في إطار موجة الاعتقالات الجماعية التي شنتها السلطات أواخر أكتوبر 2018، واستهدفت ما لا يقل عن 40 من محاميي ونشطاء حقوق الإنسان.